हड़प्पा सभ्यता जिस गति से विकसित हुई उसी गति से इसका पतन भी हो गया। इसके पतन के लिए बाढ़, आर्यों का आक्रमण, जलवायु परिवर्तन, भू-तात्विक परिवर्तन, व्यापार में गतिरोध, प्रशासनिक शिथिलता, महामारी और संसाधनों का अधिक उपभोग जैसे कारण मुख्य रूप से जिम्मेदार हैं।
1-बाढ़
सिन्धु सभ्यता के पतन का मुख्य कारण बाढ़ माना जाता है। मार्शल ने मोहनजोदड़ो, मैके ने चन्हूदड़ो तथा R. S. राव ने लोथल के पतन का मुख्य कारण बाढ़ माना है। किन्तु इससे उन नगरों के पतन का कारण पता नहीं चलता जो नदियों के किनारे नहीं थे।
2-आर्यों का आक्रमण
यह मत अब पूरी तरह से अमान्य हो चुका है। इस मत को व्हीलर ने दिया था।
3-जलवायु परिवर्तन
ऑरेल स्टाइल तथा अमलानन्द घोष आदि विद्वानों के अनुसार, जंगलों की अत्यधिक कटाई के कारण जलवायु में परिवर्तन आया। अतः यह सभ्यता धीरे धीरे नष्ट हो गयी।
4-भू-तात्विक परिवर्तन
M. R. साहनी, राइक्स, डेल्स आदि वैज्ञानिकों ने सिन्धु सभ्यता के पतन का मुख्य कारण भू-तात्विक परिवर्तन माना है। भू-तात्विक परिवर्तनों के कारण नदियों के मार्ग बदल गये, जिससे बस्ती प्रदेशों में सिंचाई के लिए एवं पीने के लिए पानी का अभाव हो गया। इसके कारण वे अपने अपने स्थानों को छोड़कर दूसरे स्थानों को चले गये।
5-प्रशासनिक सफलता
जॉन मार्शल के अनुसार, सिन्धु सभ्यता के अंतिम चरण में प्रशासनिक शिथिलता के लक्षण दृष्टि गोचर होने लगे थे। जिसके कारण यह सभ्यता धीरे धीरे नष्ट हो गई।
6-महामारी
U. R. केनेडी का विचार है कि मलेरिया जैसी किसी महामारी से सैन्धव सभ्यता नष्ट हो गई।
7-अदृश्य गाज
कुछ विद्वानों का मानना है कि सिन्धु सभ्यता का विनाश पर्यावरण में अचानक होने वाले किसी भौतिक रासायनिक विस्फोट “अदृश्य गाज” के कारण हुआ है। इस अदृश्य गाज से अत्यधिक मात्रा में ऊर्जा निकली। जिससे तापमान में लगभग 15000℃ की वृद्धि हुई। जिसके कारण दूर दूर तक सब कुछ नष्ट हो गया।
सिन्धु सभ्यता इतने क्षेत्र में विस्तृत थी कि उसका पतन किसी एक कारण से होना सम्भव नहीं था। हर स्थल के पतन के अलग अलग कारण थे। किसी स्थल का पतन बाढ़ के कारण हुआ तो किसी स्थल का अग्नि काण्ड के कारण। किसी का जलवायु परिवर्तन के कारण हुआ तो किसी का भू-तात्विक परिवर्तन के कारण।
इन स्थलों का पतन आकस्मिक न होकर क्रमिक था इस प्रकार उपर्युक्त सभी कारणों ने मिलकर सिंधु सभ्यता को नष्ट कर दिया। परन्तु विद्वानों में पतन का सर्वाधिक मान्य कारण बाढ़ है।
